La Fundación en su origen llamada Real Diputación de San Andrés de los Flamencos, creada por Carlos de Amberes en 1594 para albergar a pobres y peregrinos de los Países Bajos, entonces pertenecientes al Imperio Español.

Después de un periodo de crisis, la sede se mudó a su actual posición y la Princesa de Asturias, Isabel de Borbón, inauguró en 1877 el nuevo edificio construido por los hermanos Agustín y Manuel Ortiz de Villajos, de estilo ecléctico, concebido como iglesia, hospedería y enfermería.

En 1988 la Fundación abandonó su carácter asistencial para convertirse en institución cultural. En 1992 Solans-Briales-Del Amo adaptó el edificio a sus nuevos fines, creando un moderno centro cultural, integrado al edificio antiguo con salas de exposiciones, oficinas, biblioteca y auditorio para conferencias y seminarios. “El Martirio de San Andrés”, óleo que Pedro Pablo Rubens pintó para la Fundación, continúa presidiendo la capilla de este singular edificio.